به غیر از دارو، هنگامی که BMI به شدت بالا باشد و وقتی دیگر روش های درمانی با شکست روبرو می شود از جراحی استفاده می شود. جراحی های معده ای روده ای در کاهش بلند مدت وزن برای چنین بیمارانی در صورتی که تحمل پذیرش خطر جراحی را داشته باشند توصیه می شود.
اگر چه در دهه ی 1950، عمل جراحی انشعاب روده ای (بای پس ژئوژنوم) اجرا می شد اما در حال حاضر اغلب جراحی های معده ای ترجیح داده می شود چون عوارض جانبی اندک و پیچیدگی کمتری دارد. بای پس گاستریک در اواسط دهه ی 1960 عمومیت یافت و اخیرا گاستروپلاستی با تکنیک های لاپاروسکوپی به طور موفقیت آمیزی انجام گرفته است. به طور معمول نتایج جراحی ها 30% کاهش وزن در اولین سال و 10% دیگر در سال دوم بوده است. معمولا کاهش وزن در ماه های 24 تا 36 راکد می ماند. بعضی از عوارض جانبی این جراحی ها، مشکلات گوارشی و تغذیه ای است. این درمان های جراحی، بسیاری از مشکلات جدی چاقی همانند پرفشار خونی و سطح نامطلوب چربی سرم و دیابت ملیتوس را برطرف می سازد.
