کاربردهای آناتومی انسان عبارتند از:
مقایسه آناتومی طبیعی یک انسان طبیعی با یک انسان بیمار و ارجاع بیماری به محل خاصی از بدن.
بررسی کلیه مراحل تکامل از زیگوت تا انسان بالغ.
استفاده از آناتومی در رده بندی موجودات مختلف.
استفاده از آناتومی در تعیین جنسیت جنین و ناهنجاری های آن در سیستم های مختلف.