اگر داروی ضد ویروسی توسط پزشک متخصص و با تجربه تجویز شده و منظم پیگیری شود، این داروها ایمن هستند. اگرچه طبق گفته بعضی افراد داروهای ضد ویروسی کشنده هستند و عوارض جانبی دارند اما به خاطر منفعت هایی که نسبت به عوارض جانبی اش برای فرد دارد (ایجاد زندگی سالم تر)، توسط پزشکان تجویز می شود.
در مواردی که بیمار سایر بیماریهای تهدید کننده حیات مثل آسم، سرطان، فشارخون و دیابت دارد، دارو می تواند عوارض جدی داشته باشد اما به خاطر زنده ماندن فرد تجویز می شود، در این موارد پزشک و بیمار باید در مورد گرفتن درمان و چگونگی مقابله با عوارض ایجاد شده، تصمیم بگیرند. هنگامی که بیمار روی داروی ضد ویروسی دچار عارضه می شود، پزشکان می توانند با تغییر ترکیب دارویی تجویز شده، عوارض را کم کنند.
